Le microbiote s’est imposé ces dernières années comme un sujet central du discours médical. Autant dans les revues scientifiques que dans les médias, il est devenu un inépuisable centre d’intérêt.

L’impact qu’on lui prête sur notre santé a pris une importance considérable. Il est devenu le principe de causalité  de nombreuses maladies : obésité, diabète de type 2,  maladies cardiovasculaires, maladies neurodégénératives. On lui reconnait une influence majeure sur notre santé mentale. Cet engouement ne doit pas nous faire oublier une certaine prudence . Le microbiote n’est pas une clé explicative unique.

Le microbiote est un bien propre à chaque individu.  On rapproche souvent cette singularité avec celle de l’empreinte digitale. Il est donc impossible de définir une norme qui s’appliquerait au microbiote.

Le concept de normalité est né de la rencontre de la médecine avec la biologie. Le grand partage entre le normal et le pathologique apparaît à partir du XIX^e siècle avec Auguste Comte et Claude Bernard. Ce dernier démontre la constance des substances qui composent le milieu intérieur. Ces constantes exprimées quantitativement sont identiques pour tous les individus d’une même espèce. Claude Bernard inaugure une médecine fondée désormais sur la mesure,  la quantification et l’universalité des normes biologiques. La normalité devient le concept clef de la pratique médicale. Le discours médical fonctionne sur un mode quantitatif. Prenons l’exemple du traitement chez le diabétique. La glycémie est exprimée en gramme par litre, le traitement par l’insuline en unités. À un dosage quantitatif répond un traitement quantitatif. Le microbiote de son côté est composé de milliards de bactéries, leur chiffrage précis n’est pas possible, on se contente d’un ordre de grandeur. Même s’il existe des normes de second degré comme des normes de diversité (microbiote pauvre associé à diverses pathologies cardiaques ou inflammatoire ) ou des normes fonctionnelles (capacité à fermenter les fibres, produire certains métabolites, assurer une barrière à la colonisation) celles-ci ne sont pas quantifiables.

Notre rationalité médicale fondée sur la norme apparait récemment dans l’histoire de la médecine. Écoutons à ce propos le philosophe Michel Foucault : « D’une façon très globale, on peut dire que jusqu’à la fin du XVIIe siècle, la médecine s’est référée beaucoup plus à la santé dqu’à la normalité ; elle ne prenait pas appui sur l’analyse d’un fonctionnement « régulier » de l’organisme pour chercher où il est dévié, par quoi il est perturbé, comment on peut le rétablir ; elle se référait plutôt à des qualités de vigueur, de souplesse, de fluidité que la maladie ferait perdre et qu’il s’agirait de restaurer. Dans cette mesure, la pratique médicale pouvait accorder une grande place au régime, à la diététique, bref, à toute une règle de vie et d’alimentation que le sujet s’imposait à lui-même» [1]

L’essentielle variabilité du microbiote introduit une rupture  au regard d’une médecine fondée sur la norme, Revenons sur la notion d’un microbiote comme bien propre à chaque individu. Celui-ci possède une configuration microbienne singulière, influencée par l’alimentation, l’environnement, l’histoire de vie, les traitements médicaux.

Dès lors, l’évaluation du microbiote ne repose plus sur une opposition stricte entre normal et pathologique et sur une évaluation quantitative. Elle s’inscrit dans un continuum :

— équilibre / déséquilibre,

— diversité élevée / réduite,

— profil protecteur / profil à risque.

Le microbiote remet en question une médecine fondée sur des normes universelles et quantitatives. Il invite à penser autrement la physiologie :non plus seulement comme un ensemble de constantes, mais comme un système dynamique d’interactions. Il ne constitue pas seulement un nouvel objet biologique ; il introduit un déplacement conceptuel majeur en montrant que la norme universelle n’est pas la seule expression du vivant. Il ouvre la voie à une médecine davantage attentive aux singularités individuelles, où la santé ne se définit plus uniquement comme la conformité à une norme, mais comme capacité d’adaptation à un environnement changeant.

[1] Michel Foucault, Naissance de la clinique, PUF,1964 p.38.

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