Le microbiote s’est imposé ces dernières années comme un objet central du discours biomédical. Autant dans les revues scientifiques que dans les médias, il est devenu un inépuisable sujet. Sur internet on ne compte plus les vidéos qui lui sont consacrées.

L’impact qu’on lui prête sur notre santé a pris une importance considérable. Il est devenu le principe de causalité  de nombreuses maladies : obésité, diabète de type 2,  maladies cardiovasculaires, maladies neurodégénératives. On lui reconnait une influence majeure sur notre psychisme. Toutefois, malgré cet engouement, sa part exacte de causalité demeure parfois difficile à évaluer. Il n’est pas une clé explicative unique.

La composition du microbiote varie d’un individu à un autre. Le microbiote est un bien propre à chaque individu.  On rapproche souvent cette singularité avec celle de l’empreinte digitale. Il est donc impossible de définir une norme qui s’appliquerait au microbiote.

Le concept de normalité nous vient de la médecine. C’est au moment où la celle-ci  rencontre la biologie que le concept a émergé. Le grand partage entre le normal et le pathologique apparaît à partir du XIX^e siècle avec Auguste Comte et Claude Bernard. Ce dernier démontre la constance des substances qui composent le milieu intérieur. Ces constantes sont quantitatives et identiques pour tous les individus d’une même espèce, ainsi le taux du sucre, de sodium dans le plasma. Claude Bernard inaugure une médecine fondée désormais sur la mesure,  la quantification, et l’universalité des normes biologiques. La normalité devient le concept clef de la pratique médicale.

Il n’en a pas été toujours ainsi. Jusqu’à la fin du XVII^e siècle, on ne cherchait pas de référence à un fonctionnement « régulier » pour comprendre les « dérèglements » de l’organisme ; on interprétait le symptôme en fonction des qualités de vigueur, de souplesse, de fluidité que la maladie faisait perdre et qu’il s’agissait de restaurer.

L’essentiel variabilité du microbiote introduit une rupture  au regard d’une médecine fondée sur la norme. Sa composition varie considérablement d’un individu à l’autre, Chaque individu possède une configuration microbienne singulière, influencée par l’alimentation, l’environnement, l’histoire de vie, les traitements médicaux.

Dès lors, l’évaluation du microbiote ne repose plus sur une opposition stricte entre normal et pathologique et sur une évaluation quantitative. Elle s’inscrit dans un continuum :

— équilibre / déséquilibre,

— diversité élevée / réduite,

— profil protecteur / profil à risque.

Le microbiote remet en question une médecine fondée sur des normes universelles et quantitatives. Il invite à penser autrement la physiologie :non plus seulement comme un ensemble de constantes, mais comme un système dynamique d’interactions. Il ne constitue pas seulement un nouvel objet biologique ; il introduit un déplacement conceptuel majeur en rendant problématique la notion de norme universelle. Il ouvre la voie à une médecine davantage attentive aux singularités individuelles, où la santé ne se définit plus uniquement comme conformité à une norme, mais comme capacité d’adaptation à un environnement changeant.

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